Informations pour les participants afin de réaliser les TP
Les TP de l'Ecole-Chercheurs s'appuieront sur le logiciel statistique R :
Dans la mesure du possible, nous demandons aux participants de venir avec un ordinateur portable et d'y installer R (version 2.10 ou 2.11) avant leur arrivée.
Cette pré-installation vous permettra en effet de travailler sous votre système d'exploitation habituel.
Pour information, une seconde possibilité sera offerte par une clé USB sur laquelle sera installé le système Ubuntu GNU/Linux avec les logiciels nécessaires pour les TP. Cette clé, distribuée à chaque participant le 1er jour, contiendra également des documents de support aux cours et TP, enfin un atelier de dépannage sera mis en place la première journée pour venir en aide à ceux qui auront rencontré des problèmes.
Configuration conseillée des postes de travail
- Ordinateur portable avec au minimum 512 Mo (1 voire 2 Go et + conseillé) de mémoire,
- processeur de génération récente
- OS indifférent : GNU/Linux (Ubuntu), Mac ou WinXp ou Vista
- connection Wifi vivement conseillée
- jdk java (JDK 6 Update 20) à télécharger à l'adresse java.sun.com/javase/downloads/index.jsp (sélectionner le jdk pour son système d'exploitation)
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R (http://www.r-project.org/) version actuelle (2.11.1) ou juste antérieure (2.10.X).
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packages R optionnels à installer impérativement (dans la bonne version) :
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boot 1.2-42 (http://cran.cict.fr/web/packages/boot/index.html)
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sensitivity 1.4 (http://cran.cict.fr/web/packages/sensitivity/index.html)
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idem avec lhs, akima, evd, triangle, orthopolynom, FrF2 et lattice
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packages R optionnels à installer si possible (dans la bonne version) mais non indispensable :
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idem avec rgl
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Pour installer R:
- Sous Windows : télécharger directement le fichier d'installation http://cran.univ-lyon1.fr/bin/windows/base/R-2.11.1-win32.exe, lancer l'installation, en répondant oui à l'ensemble des questions.
- Sous Ubuntu, Debian et dérivées : installer le paquet r-recommended
- Ou se rendre sur le site http://cran.univ-lyon1.fr/
Pour installer les bibliothèques R :
Les bibliothèques suivantes doivent être installées : "Rcmdr", "sensitivity", "lhs", "akima", "evd", "triangle", "orthopolynom", "FrF2", "lattice", "boot", "rgl"
- Sous Linux Ubuntu ou Debian
- installer les packages r-cran-rgl, r-cran-rcmdr soit en ligne de commande (apt-get install) soit avec votre gestionnaire de paquets préféré (Synaptic, …). Cette méthode est recommandée car elle gère les dépendances des librairies du système nécessaires au bon fonctionnement
- Installer les autres bibliothèques avec la commande suivant dans R :
install.packages(c("sensitivity", "lhs", "akima", "evd", "triangle", "orthopolynom", "FrF2"), dependencies=TRUE)
- Pour les autres systèmes (Windows ou Mac) :
- lancer R puis taper la commande suivante pour installer la bibliothèque "Rcmdr" (R commander): install.packages("Rcmdr", dependencies=TRUE)
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L'ensemble des bibliothèques peuvent être installées avec la commande suivante :
install.packages(c("Rcmdr", "sensitivity", "lhs", "akima", "evd", "triangle", "orthopolynom", "FrF2", "lattice", "boot", "rgl"), dependencies=TRUE) -
lancer la commande library(Rcmdr) pour obtenir l'interface graphique
- Remarque 1 : ces installations peuvent également se faire à la souris à partir du menu "Packages" (choisir d'abord un site miroir en France, puis installer les packages listés ci-dessus)
- Remarque 2 : la 1ère fois qu'elle est lancée, la commande library(Rcmdr) prend plusieurs minutes car de nombreuses librairies sont installées. La bibliothèque Rcommander fournit une interface conviviale pour utiliser R.
